控制了东南诸省之后，于孝天也就抓住了大明经济的命脉，那么接下来就是中原诸省了。
大明内乱起于陕西，祸及了河南、山西、湖广、南直隶以及山东南部等地，不把这几个地方控制住，那么就没法将大明的乱局给彻底按下。
所以于孝天收服了洪承畴、孙传庭二人，令他们走在前台，先从军事上挤压各路流民军生存的空间，并且初步取得了成效。
在崇祯十二年底的时候，以张献忠、罗汝才为首的一大批有名有姓的流民军首领，便纷纷被逼投降或者是被杀，使得河南湖广一带的局势渐渐趋于平稳，仅剩下了老回回马守应、革里眼贺一龙等等一批流民军，尚在南直隶与河南、湖广交界的英霍山一带活动。
而陕西也仅剩下了李自成等为数不多的流民军，被赶到了平凉、庆阳、延安府等地，被挤压在一些边远地区活动抑或是苟延残喘。
特别是在干掉了张献忠之后，使得整个流民军的士气都为之大为受挫，一些小股的流民军因为看到继续闹下去，已经没有多大前途，一些首领要么投降了官府，解散了他们的流民军，被遣送回乡安置。
但是李自成很显然比较硬气，却始终不肯低头投降，带着余部继续在平凉府和庆 阳府一带流窜。
洪承畴在解决了张献忠之后，开始按照于孝天的吩咐，收拢兵力，把陕军主力向西调动，陈兵于淳化、三水、凤翔、陇州一带，堵住了李自成所部继续东犯的去路，并且得到了于孝天一部分新编练的于家军的支援，使之兵力和战斗力都又一次得到了大幅提升。
李自成到了崇祯十三年六月的时候，已经是举步维艰，他在洪承畴的军事挤压之下，率兵逃往了宁夏，但是到了那里之后，发现根本无处筹粮，于是又只得率部逃往临洮府一带，但是却遭到了新上任的临洮知府鲁方天领兵堵截。
李自成到了这个时候，已经是基本上到了弹尽粮绝的境地，麾下流民军数量也已经跌至了不到两万人的规模，而且核心堪战的兵力，不过只有区区两千人左右。
临洮知府鲁方天集结临洮地方守军，将其阻于临洮府东面龙门镇一带，双方发生了一场激战，鲁方天兵力不足，但是却死守不退，最终临洮官军战败，鲁方天死于乱军之中，也算是在于孝天当权之后，第一个死于流民军之手的高级官员。
但是李自成虽然打赢了这一仗，但是却也损失很大，突破了官军的阻拦之后，却没有能获得多少战利品，临洮在大明本身就是边镇，算是一个穷乡僻壤，李自成率部突入临洮府之后，却也没捞到多少好处，依旧是筹措不到足够他们应付一段时间的粮饷。
无奈之下，九月李自成率部只得放弃临洮府，带兵东返，试图打回他老家延安府一带，但是这一次他没有机会再回到他的故乡米脂县了。
洪承畴趁着李自成先逃往宁夏，接着又跑到了临洮府这段时间，完成了对李自成进剿的最后布置。
洪承畴一共集结起来了将近两万五千余陕军，沿着庆阳府、平凉府一带层层设防，堵住了李自成东返的去路。
李自成率部一路走一路上和官军交战，虽然屡屡小胜，攻破了数处官军的阻截，但是损失也越来越大，当他率部走到镇原县的时候，他麾下已经仅剩下了不足五千兵将，而且几乎彻底断粮。
李自成心知如果再获取不到一些粮食的话，恐怕马上他的兵马就会作鸟兽散，于是他决定铤而走险，攻打镇原县城，试图破城之后抢得一些粮食，让他补充一下，能一鼓作气突破官军的封锁，逃到延安府境内。
只要回到延安府境内，他认为以他乃是延安府本地人士，对于当地地形、人文都熟悉，而且人头也熟，完全可以得以喘息的机会。
但是他没有想到的是，就在他一路朝着延安府挺进的时候，洪承畴已经大致猜出了他要走的路线，提前把大概不到两个整编营的于家军给派到了镇原县一带。
带队的主将说起来让人感到有点世事无常，居然正是当年被于孝天生擒活捉的孔有德，不过现在已经换了一个名字，改成了孔尽忠，早已没有人知道他就是当年制造了登莱之乱的那个叛将孔有德了。
孔有德被于孝天俘虏之后，带回了南方，于孝天念在这家伙多年在关外和建奴征战，对于关外情况十分了解的份上，留下了他的性命，并且把他丢入到了于家军陆军学堂之中，来了一次深造。
孔有德起初很不适应于家军的管制严苛，屡屡犯戒没少被教官收拾，但是后来他也想通了，于孝天能留他一条命，已经算是法外开恩了，加之后来他到了淡水之后，意外的见到了留在淡水现在全心全意做学问的孙元化，两人相见之后感慨万分，孙元化把孔有德着实又教训了一番。
孙元化开导孔有德，让孔有德以后跟着于孝天好好干，于孝天乃是能成就大业之人，现在跟着于孝天，算是尽早从龙，以后可以洗白他的出身，成就一番事业，而且于孝天识人善用，对于部下相当不错，只要孔有德以后好好干，总是不会亏待于他。
于是孔有德受教之后，也就安心了下来，在陆军学堂之中足足呆了两年时间，改了名字之后，被授予了个少尉军衔，当了一个见习副连长，接着被派往香港岛驻守了一段时间，后来随军南下又去后黎朝跟越南人打了几仗，进而转正提拔为了副营长。
这一次北上的时候，他在第九旅旗下任事，作战相当勇猛，立下了不小的战功，转而被拔擢起来当了营长，洪承畴返回陕西的时候，于孝天让孔有德跟着洪承畴返回陕西，作为监视洪承畴的人员，在洪承畴帐下听令。
孔有德这段时间在陕西跟着洪承畴，进剿罗汝才和张献忠的时候，都立下了战功，现在军衔已经被提升到了中校军衔，但是暂时还是领一营为营长，接下来如果有需要的时候，他随时都可以独领一个旅的建制，成为于家军高级军将。
而这一次洪承畴要剿灭李自成，看准李自成可能要走镇原县一带，于是便把孔有德所率的一个营另外带了一部分在陕西新编练的新兵，到了镇原县坐镇负责堵截李自成。
结果出现了一个令人有点啼笑皆非的局面，孔有德大战李自成，后来于孝天得知这件事的时候，当场就笑的把一口茶喷出了老远，这都哪儿跟哪儿呀！简直就是关公战秦琼嘛！可是偏偏因为于孝天意外出现在这个时空之中，却导致了如此荒诞的事情的发生。
李自成完全不知道这时候在镇原县城，居然会藏了这么一支要他命的雄兵，以为像镇原县城这样一个小县城之中，充其量能有几百官军或者乡勇就算是不错了，就算是他们攻城能力不强，只要拼一下，还是可以拿下这座县城的，于是便带着麾下的兵马，呼呼啦啦的把镇原县城给包围了起来。
孔有德其实早就从斥候哪儿得知了李自成率兵攻至镇原县的消息，他琢磨了一下之后，耍了个心眼，决定这一次要在所有人面前露一鼻子，耍一个手段把李自成给留在这里。
于是他下令镇原县提前早早关闭城门，封锁了他领兵驻守在这里的消息，并且将手下所率的两千部下，留下了三个连的兵力留守县城之中，而他自己则率领骑兵连和剩下的精锐，出城不知去向。
李自成率军抵达镇原县城之后，把县城给里三层外三层的包围了起来，然后威胁镇原县的守军立即开城献降，否则的话他攻入城中，便要把县城之中杀一个鸡犬不留。
像这样的事情，李自成干的绝不是第一次了，从他起兵追随高迎祥造反之后，像屠城的事情，已经干的不是一次两次了，往往只要他们攻城的时候，遭遇到城中守军强烈抵抗，为了威吓以后其它的城池守军，他们这些流民军攻下城之后，往往采取极其血腥的手段，在城中大肆屠杀。
但是这一次他的威胁显然没有起到任何作用，镇原县城城墙上毫无反应，反倒是发炮轰死了他派去劝降的几个手下。
李自成大怒之下立即下令开始攻城，数千流民军在李自成核心兵将的驱使之下，开始蜂拥而上，架起云梯蚁附攀城，对镇原县城发动了猛攻。
但是让李自成感到意外的是镇原县城的守军似乎比他想的要多一些，抵抗也相对顽强一些，更让他意外的是守军之中居然有一些可以射很远的火-枪，数量虽然不多，但是却很厉害，接二连三的打死了他一些手下的将领，让他的几次进攻都屡屡受挫。
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