与“外藩”和“一门”对应，平手幕府的直属家臣，惯例被称作“谱代众”，他们的知行由家禄、勋禄、职禄三者组成。
所谓“家禄”就是一般意义上的知行领地，子承父业，世袭罔替，作为家族的产业不断延续下去，只要不曾绝嗣或者犯错被改易，便可以一直持有。与以前唯一的区别就是，规定家臣在指定的城里集住，土地另有人代为照料。
跟随初代将军创业打天下的家臣都会按照身份地位和功劳资历，分到各自大不等的“家禄”。但幕府稳定之后，再想获得“家禄”的加赠就会十分困难了，必须是有非常突出的特别贡献才可以。
毕竟扶桑的土地就这么多，没可能无限分封下去的。
那么，在和平岁月里为幕府勤勉工作，立下苦劳，但又达不到封荫子孙那个程度的，便颁发一些称号、徽章、感状、武具来予以神层面的表扬，并赐予相应的“勋禄”作为物质奖励。
因此就好理解了，“勋禄”的知行只与个人的勋位有关系，不管数目有多高，理论上当事人死去之后也就没了。不过实际操作当中，平手汎秀打算制定一个“降等继承”的原则。
倘若某人因为长期的侍奉获得一万石“勋禄”，当他死的时候，就发布“特许恩赏令”，允许其子嗣继承五分之一，也就是二千石。如此类推，到第三代就是四百石，第四代就是十石，直到最终算出来结果于一石，才彻底取消。
当然，前提是子孙有模有样。
这个“特许恩赏令”是否成立的决定权始终保留在幕府手里，并不是百分之百通过的。
最后是“职禄”。
顾名思义，“职禄”跟职位是一一绑定的关系，相当于岗位工资。任何人只要在职，就能领取，一旦离职，便立刻停止发放。
十六世纪的扶桑，毕竟还有相当浓厚的“封建残余”，集权大一统程度尚浅，无法从民间获得足够的基层官候选，所以高级武士身边的随从、幕僚往往不是“国家工作人员”而是自行聘用的私臣。
在平手汎秀的预想里，将来幕府是要任人唯贤，择才录用的。倘若有寒门出身之人被提拔到高位，但无法负担相应的排场和人员规模，导致工作不力，那不是很尴尬吗？
所以才特意设定了“职禄”，保证上岗的人都不会受此困扰。
同时也能让中下层的谱代家臣们更有进取心。
另外，任何人如果无病无灾，正常退休的话，取消“职禄”的同时都会给予一些“勋禄”当作是养老金。倘若工作成果特别巨大，或者是英勇作战牺牲在任上，甚至有可能额外给予一些“家禄”。但是，那些因为能力不足，或者渎职、贪墨、违法之类原因撤职的，就不会得到任何补偿。
“勋禄”和“职禄”也对应具体的土地范围，但其持有人跟土地之间的关系就更远了，跟传统理解的“采邑庄园”差别已经极大。
制度宣布以后，平手汎秀等不及正式制作书状，亲笔起草了案，任命河田长亲为幕府首任的“笔头家老”，享受家禄十万石，勋禄十万石，职禄五万石的待遇。
仅仅两日之后，这位首任笔头就手握着重逾千钧的恩赏书溘然长逝，含笑九泉。
平手汎秀颇为哀痛，特许让河田长亲年仅六岁的幼子“松竹丸”继承了家禄十一万五千石，勋禄五万五千石，共计十六万石的知行。并根据其遗愿让河田家族亲五人独门立户以谱代身份侍奉幕府。
以此为标准，服部秀安、岩成友通、中村一氏、浅野长吉、多正信、伊奈忠次、拜乡家嘉、细川藤孝、山内一丰、木下秀长、西行长、加藤光泰、前田玄以、板部冈江雪斋……等数十人获得万石以上家禄，被认为是“大身谱代”。
家禄在一千石到一万石之间的约二百三十人，百石到千石之间的约百人，加起来一千多个家臣，坊间习惯“中身”或者“中位”、“中味”之类。
获赐百石以下家禄的共有七千四百人，对这类人民间产生了诸多俗称，“身”，“者”，“味”或者“下侍”，“末侍”。
此外还有三四万名普通士兵，长期为平手家脱产作战，却一直没能出人头地，始终是卒。他们的身份不同于铁饭碗的武士阶级，但也不是纯粹的雇佣人员，允许世代继承兵役并持续领受大约等同于二十几石武士的待遇，如果没有合适的男性后代顶替则一次性给予财产，转为农商工行业。这些人的所谓“知行”是没有对应到具体真实土地的，由中枢财政拨款支付，可算是“虚拟领地”。
幕府的组织从上到下划分了许多部门。
围绕在将军身边，协助共同处理国政大事的，从上到下依次是笔头、宿老、家老、传奉众、侧近众五个级别的家臣，组成权力核心“年寄众”，负责做出决策，向外传递。
其下设立二十余个重要部门。包括专门起草政令书的佑笔众，管理军队行政的军奉行众，与朝廷沟通的禁里公家相谈众，在列国间游走的巡查众，负责维持道路和信函的传马众……甚至有公开监督天下武士的目付众，和私下作为耳目存在的暗部众。
当然后两者会经常有机会直面将军。
管理钱粮财税的官，包括度支奉行、勘定奉行、仓库奉行、银座奉行、普请奉行、商屋奉行等等，虽然也要归属“年寄众”管辖和监督，但由于责任深重，规模较大，专业性强，不可避免具有一定自成体系的独立性。
掌握国金银矿，法定垄断铸币权，控制“兵粮券”的印刷与发放，并同时禁止其他任何个人和组织制作信用票据，这就从货币角度控制了经济命脉。然后还有一个重要任务就是通过专卖权的授予来从豪商巨贾那里榨取资金，这在缺乏税务人员时不得不用的手段。
更不可能有专门的审计部门了。幸好官之间也是存在派系的，比如伊奈忠次、长束正家非常融洽，但他们都不喜欢石田三成、安藤良整，通过职务调动，可以让他们相互牵制。
至于日后长远该怎么办，交给子孙们头疼去吧。
另外设定了庞大的亲卫众，负责将军人和亲眷家，以及重要办公场所，还有各地行辕的安工作。
还有一个部分是从事服务的“御用人”组织，包括了厨师、医生、诗人、者、占卜师、阴阳师、鹰匠、马夫……乃至所有姓、仆役的管理。
幕府的直属职业脱产军队依然保持了四万的规模。后勤和行政操手于官，但训练和作战依然由“部将众”负责。名“军大将”，三十多名“势大将”，一百余名“备大将”的任免都需要将军人签字。
此外最能脱离“年寄众”管辖的是专注于审理案件，解决诉讼的“问注评定所”。平手汎秀希望他们能发展成相对独立的法庭系统，避免官一家独大。
这样幕府将军才更好操控，倒也是某种程度的“三权分立”。只不过是在实权君主之下的分立。
进一步，汎秀还考虑，是否定期举办谱代、一门、外藩都派代表出席的议会，让议会掌握立法权。不过目前看来可能会水土不服，有点过于激进了。
地之上，则是存在了好几种不同的组织。
最引人关注的，是管理土地田产的武士。
平手汎秀对于幕府直辖的田产，设立了十个“御料所”，而对于名义上属于家臣，实际由幕府代官的田产，则设定了二十三个“代官所”。
每“所”管理土地，少则五七万石，多则二十万石，有的是连成大片，有的是零散飞地，大约按照每五千石对应一名正式武士来决定人数规模。各所头目的主要职责是确保粮食按时按量上缴，也承担一定的行政、治安任务。
然后，直属于幕府的三十四处町镇，分别设置一个“町奉行所”，人数多少根据町镇的人口面积和经济规模决定。
中枢机构跟大商人打交道，主要是通过售卖专卖权的式获利，每次都是几万贯。而地的町奉行所的工作则是栋别钱、关税这之类琐碎的西。
当然也不是专门捞钱，除了财税之外，也有警视厅来捕盗、消防，维护治安，作事奉行管各种基建修补，目安役者收集町民意见，诸如此等。
界町这种程度的大都市，奉行所会设有两百武士，这些武士又有六七百下人，能够承担复杂的任务。最的町奉行所可能只有武士十名，下人三十，不过工作压力相应也很。
另外在各地金银铜铁出产之地，设了二十一个“矿山奉行所”。他们的任务就很明白了，把矿石挖出来，进行粗加工，运回幕府交差即可。
每所之下，依然也要分为勘测规划、实施挖掘、加工运输、工匠管理、治安维护的几个部门，其实也不比町奉行简单。生态更像是“大型国企”。