孔融作为三国历史上的大儒之一，一心为国，因此和专权的曹操极为不对付，最终被曹操所杀害。
【参议朝政】
之前，太傅马日磾奉命出使山东，到了淮南时，多次有求于袁术，袁术于是轻视侮辱他，夺走他的符节，又不准他离开，还要强迫他任军师。马日磾忧愤自己至极，于是呕血而死。
等到马日磾遗体送回京师，朝廷想加以礼葬，孔融于是独自陈：“马日磾凭上公的尊贵身份，持天子的髦节，奉命处理地方事务，安宁东夏，竟然取媚奸臣，被他所指使，所上章表署名补用，马日磾都是第一个。依附下级，欺骗朝廷，奸诈事君。从前国佐敌晋军，不为其折服，宜僚当着白晃晃的刀而面不改色。朝廷大臣难道可以受威胁为借口吗？而且袁术越级叛逆，不是一朝一夕的事，与日磾随从，周旋历年。《汉律》规定：与罪人往来三天以上，都应该知道他的情况。《春秋》：鲁叔孙得臣死了，为了不张扬襄仲的罪贬，不写日子。郑讨伐幽公，砍薄子家的棺材，因为他杀君的缘故。陛下可怜旧臣，不忍追究定罪，已经很宽大了，不应该再加礼。”朝廷采纳了他的意见。
后来朝廷多次就肉刑之事进行讨论，钟繇等人支持恢复肉刑，孔融则坚决反对，肉刑之议最终不了了之。
当时，荆州牧刘表和曹操关系恶化，开始不向朝廷进贡，做了不少逾越法度不安本分的事情，并且还郊祀天地，礼仪拟指君主。朝廷下诏把他的行为宣示天下，孔融上疏认为应当隐瞒郊祀这件事，来维护朝廷的脸面。
建安五年（00年），南阳王刘冯、东海王刘祗相继逝世，献帝哀痛他们早逝，想为他们规定四时祭祀，为此先询问孔融意见。孔融回答：“陛下仁厚，感慨变化而增加思念，哀悼二王的魂灵发布哀怜的诏章，考查审度从前的典章制度，订正礼制。臣看前代梁怀王、临江愍王、齐哀王、临淮怀王都死而无后代，同胞兄弟，就是景帝、武帝、昭帝、明帝四帝，没有听前朝为他们修祭祀。如果是临▼▼▼▼，∧.co▽的，就不要列入传纪。臣不懂事，认为他们都在幼的年龄死去，陛下哀痛，以成人礼加以谥号，这应遵照您的意思办理，祭祀结束，以后就不要再行。至于一年一期祭祀，不合礼意，又违背了先帝既定的法制，这是不合适的。”
【孔融之死】
孔融作为大汉的死忠分子，极为看不上挟天子而令诸侯的曹操，与其矛盾不断恶化，最终被其所杀。
先期孔融和祢衡关系非常好，甚至将其推荐给曹操，但祢衡自认为有才，看不起曹操，并且还将其狠狠羞辱了一顿，曹操最终将其流放到荆州，祢衡最后被黄祖所杀。
在官渡之战时，孔融等人认为曹操不敌袁绍，被荀彧所驳斥。
后曹操进攻邺城屠杀邺城居民，袁绍家的妇人女子多被掳掠。曹操的儿子曹丕还继承了曹家人妻控的传统，私自娶了袁熙的妻子甄氏。孔融知道后写信给曹操，：“武王伐纣，把妲己赏赐给周公。”曹操不明白，后来问孔融这出于何经何典。孔融答：“按现在的事情量一量，想当然而已。”
建安十二年（07年），曹操北讨乌桓，孔融又讥笑他：“大将军（曹操）远征，萧条海外，从前肃慎不进贡木苦矢，丁零偷盗苏武的牛羊，可以一并讨伐啊！”当时，饥荒战乱，曹操上表请禁酒，孔融多次写信给曹操，认为不要禁酒，而且言词之中多为傲慢无礼。
当时孔融已经看到曹操奸雄诡诈，已渐渐显露，愈发不能忍受，所以话偏激，常常触犯了曹操。又曾经上奏认为应当遵照古时京师的体制，千里以内，不得封建诸侯。曹操怀疑他所谈论的越来越广，更加害怕他。然而，因为孔融名重天下，表面上装着容忍，暗中却嫉忌他正确的议论，怕阻抗自己的大业。山阳人郗虑揣摩曹操的心事，以蔑视国法为由奏免孔融。曹操又写信故意挑拨二人，孔融也回信相对。
曹操既积满了一肚子的猜疑忌妒，加上郗虑的诬陷，曹操于是指使丞相军谋祭酒路粹枉奏：“少府孔融，从前在北海，看见王室不安宁，招集徒众，图谋不轨，：‘我大圣之后，被宋所灭。有天下的，何必一定是卯金刀。’后来与孙权的使者话，诽谤朝廷。又孔融位在九卿，不遵守朝廷的礼仪，不戴帻微行，唐突宫掖。又以前与没有出仕的祢衡无所检地乱什么‘父亲与儿子，有什么亲？论其本意，实为****而已。儿子与母亲，又是怎么回事呢？譬如寄物缶瓦中，出来就分离了’。不久，与祢衡更相标榜，祢衡孔融是‘仲尼不死’。孔融回答：‘颜回再生。’大逆不道，应当予以重诛。”朝廷遂于建安十三年八月二十九日将孔融处死，并株连全家，孔融时年五十六岁。
据《世新语》记载，孔融被逮捕时，朝廷内外非常惊恐。当时孔融的儿子大的九岁，的八岁。两个儿子仍然在玩琢钉游戏，一惶恐的样子都没有。孔融对使者：“希望罪责仅限于自己一身，两个儿子可以保全性命吗?”他的儿子从容地进言：“父亲难道见过倾覆的鸟巢下面还有完整不碎的鸟蛋吗？”不一会儿逮捕他们的差役也到了。
在《后汉书》则记载孔融是一子一女，儿子九岁，女儿七岁，其女儿在死前对哥哥：“如果死者有知，得见父母，难道不是我们最大的愿望！”于是引颈就刑，颜色不变，没有人不为之悲伤的。
之前，京兆人脂习，与孔融相好，曾劝诫孔融性格太过刚直。等到孔融被害时，许昌没有人敢为其收尸，脂习前往抚尸：“文举丢下我死了，我也不再活了。”曹操听大怒，准备收捕脂习杀害，后来逢赦免才被释放出来。
【文学成就】
孔融是东汉末年一代名儒，继蔡邕为文章宗师，亦擅诗歌。魏文帝曹丕十分欣赏孔融文辞，在他死后曾悬赏征募他的文章，把孔融与王粲、陈琳、徐干、阮瑀、应玚、刘桢六位文学家相提并论，列为“建安七子”。道“孔融体气高妙，有过人者；然不能持论，理不胜辞，至于杂以嘲戏。及其所善，扬（扬雄）、班（班固）俦也。”
据《后汉书》载，孔融有诗、颂、碑文、论议、六言、策文、表、檄、教令、书记共二十五篇。但这为数有限的遗文，后世又有所散佚，大多只是片断流传，其中诗歌仅存八首。
《隋书·经籍志》载《孔融集》9卷，已散佚。今存其集都是明、清人辑本，通行本有明张溥辑《汉魏六朝百三家集·孔少府集》1卷。据严可均《全上古三代秦汉三国六朝文·全后汉文》卷8载孔融有《春秋杂议难》五卷，集十卷，又有其文及奏疏。其诗又见丁福保《全汉三国晋南北朝诗·全汉诗》和逯钦立《先秦汉魏晋南北朝诗·汉诗》。
《古文苑》载有孔融《杂诗》首，但《文选》李善注引屡作李陵诗，真伪莫定。而其诗亦近无名氏古诗一类，逯钦立《先秦汉魏晋南北朝诗》系入《李陵录别诗》。
【求仁得仁】
孔融本人在文学上的成就不用，在政治上他也不差，但孔融的确不是一个明主，更不是一个有野心的诸侯，而是一个明显的大汉官员，一个明显的士大夫，其军事能力可以是比较糟糕的。
而孔融之死，则是求仁得仁的结果，孔融本人也是典型卫道士，守旧派的最明显例子。后世关于孔融和曹操不对付的记载较多，人们也了解的大多是这一方面，但实际上孔融反对的不仅仅是曹操，而是宦官集团、董卓、袁绍以及曹操这些汉末的全部大势力（孔融死前，孙刘还没崛起，所以这几个势力就是汉末的最强势力了）。
孔融反对的是那些大野心家，是那些大汉的蛀虫和毁灭者，纵观孔融一生，他从没和这些“恶势力”妥协，一直在守护着大汉的道义，在宦官祸乱朝政时他对抗宦官，在董卓废立君王时，他和董卓做对，在袁绍做大时，他拒绝依附野心勃勃的袁绍，最后轮到曹****，孔融也依然从未改变，他为朝廷尽心尽力，积极参与朝政，但对于朝廷的实际控制者曹操却是经常找其麻烦。
孔融这样做的理由其实很简单，他很明白曹操已经尾大不掉了，这样下去国将不国，但是自己又没有什么有效的办法限制曹操，所以就只能做一些动作，孔融未必不知道和曹操做对的结局，但当时真的已经没人可以对抗曹****，所以他只能自己站出来了。
为此，他把那些强者得罪的都很惨，宦官不喜欢他，董卓讨厌他，曹操要杀他，但他却从没有改变。孔融的确在曹魏内部慢慢成为了隐患，曹操除去他也谈不上什么错误，但孔融这份真心，这份坚持，却令人十分敬佩。
但大汉的时代已经过去了，所以孔融最终还是死了，成为了那个王朝的殉葬品。
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