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第二镇的六千多水师官兵人员相对复杂，朱由榔抽调了原伏波镇的一千多老卒和李成栋麾下仅剩的一千多原郑芝龙部下的残兵作为基本盘。
当年郑芝龙降清被挟持至京后，清贝勒博洛利用他的声望和“平国公”的牌劄，招降了原属郑芝龙管豁的施福、施琅、梁立、黄廷、洪习山、成升等十员总兵官和他们的部下，共计十一万三千人。
其中施福、施琅等五员总兵率部被调拨到清江南巡抚李成栋军，并随李成栋由浙江、福建进入广东，参与了扑灭广东绍武政权，各路义民起义和追杀永历的军事行动，为清廷立下了不少“汗马功劳”。
可是李成栋看不起闽系兵将，他部下的将领与闽系兵将之间相处不和，有着难以逾越的地理隔阂，李成栋既利用郑芝龙的旧部冲锋陷阵，又在给清廷的奏疏里把他们贬得一钱不值，说这些人“脆弱不堪，无资战守”。
施福、施琅、洪习山等人过着寄人篱下的生活，忍气吞声，大有怀才不遇、有功不赏之感，私下常为当初降清而懊悔。
梧州、清远之战过后，闽系兵将折损严重，特别是当初的北江一战，朱由榔不惜以自己做诱饵，使伏波镇总兵余龙成功大破清军水师，闽系五千多水师主力尽失，只剩下一千多残兵败卒，统领施琅兵败自杀。
永历元年三月初（公元1647年），在大明内镇抚司的全力策反下，李元胤和袁彭年率先反正归明，紧接着又成功劝说李成栋背清反正、转投永历帝。
李成栋一直和那些闽系兵将不对付，因此他借着反正之机，就把这一千多闽系水师残部拱手送给了朝廷，既能显示自己的忠诚，又能把那些碍眼的家伙甩开。
这一千多残兵都是原来的海贼王郑芝龙麾下的嫡系中坚，战力都不错，尤擅海战，旱鸭子出身的李成栋不在乎他们，朱由榔可都当成了宝贝。
所以在李成栋奏疏刚送到他手中后，他就立即准奏，堂而皇之的把这支残部笑纳了。
除了首领施福及其亲信部将被高爵恩养架空外，余者中坚骨干如梁立、黄廷等全都升官重用了，在朱由榔亲征湖广期间，这支水师被瞿式耜用作行都的水上防守力量。
除了三千人左右的老卒做为基本盘外，朝廷又在沿海地带招募了三千多疍户船民。
这些疍户船民出身的水手整体素质非常强，他们原先做船民时，靠海吃饭，以船为家，几乎一辈子不上岸，吃住全在船上，因为这种生活习俗，使得他们能够完全习惯于水上的颠簸，即便遇到狂风大浪也可以安之若素，不晕也不吐。只要训练得当，以后必定各个都是出色的水手。
在招募之初，朝廷不仅开出了等同于厢营军士的丰厚的军饷，而且还给了这些疍户船民许多政策上的优待。
疍户在大明世代都是贱民，隶属于贱籍，子孙后代永世不可科考，社会地位极其低下，远不如普通良民，
有鉴于此，朝廷规定，只要入募大明水师，全家勾出贱籍，改为良籍，且子孙可以科考从军，不受歧视。
如此双管齐下，效果非常显著，沿海那些疍户船民全都踊跃参军，报名者远远多于要招募的人数，受制于粮饷和招募人数的原因，朝廷只是从中择优选了三千多人，都是清一色的二三十岁的青壮小伙，各个身强体壮，水性出众，当他们每人拿到了二十两银子，三石米的安家费后，一个个痛哭流涕，感激涕淋，纷纷叩谢皇恩浩荡。
一半老卒一半新兵掺杂在一起混编，原伏波镇水师与郑系水师交叉组队，你中有我我中有你，在新建的水师里掺了这么多沙子后，朱由榔还嫌控制力不够，又命心腹部将高利勋做了第二镇水师的掌印官，郑系的黄廷和梁立只是作为副手从旁协助。
这样一来不仅山头力量被严重削弱，朝廷对新建水师的掌控力也是无与伦比的强，经过高利勋一段时间的严格整顿操演，全军不说上下齐心，至少做到了令行禁止，在优厚粮饷的刺激下，士气非常高昂。
至此朱由榔总算可以松口气了，为检验数月来高利勋治军的效果，他决定要在今日下午举行江上大阅兵。
他召来众将道：“朕想在今日午后举行一次总演练，看看全军是否都已熟悉各自的作战职责。诸将即刻回营，未时前务必整好装备，率部听令而行。”
诸将齐声应命，纷纷回营。早饭后，军营沸腾了，人头攒动，官兵们摩拳擦掌，准备一显身手。几艘残破的旧船被拖往西江上，充当“敌军水师”……
未时，总兵官高利勋全身披挂，率领全部战斗人员乘船出寨，冲向“敌军”。不一时，两军相近，高利勋挥手示意，亲兵舞动令旗。
左先锋黄廷率领网梭船队首先杀出。网梭船是一种只能乘坐二至四人的超小型船只，形如梭，竹桅木帆，吃水七八寸，装备二三支鸟枪。战时数百船蜂聚蚁附，鸟枪齐射，威力不可小视。
右先锋梁立率领子母船队紧跟其后。子母船长3丈5〔前2丈，后1丈5〕，只有两边舷板，内空，藏着一条小船，上有盖板，有4桨可划，用绳索与母船绑在一起。母船装有柴木桐油、火药火线。战时母船迅速抵近敌船，用钉与敌船连在一起，点燃母船后人乘子船而返。
上百艘小型战船犹如被惹怒的马蜂，以迅雷不及掩耳之势，从两翼包抄“敌舰队”。
网梭船小速度快，首先接近‘敌舰’，黄廷令旗挥下，上百枝鸟枪几乎同时开火。刹那间，烟雾燎天，铁砂如雨，枪声震耳欲聋。在黄廷的掩护下，梁立指挥子母船队迅速贴上“敌舰”，官兵们异常熟练地用钉把母船与敌舰连接在一起，点燃火药线，烈焰冲天而起，子船飞快撤离。